プログラムを手に入れ、必要な変更(最低限Perlのパスと全CGIファイルの$RETURLを変更してください)をした後、アスキー(テキスト)モードでサーバーへアップロードしてください。パーミッションは.cgiと.plのファイルが755(705でもいい)、.datのファイルが666(606でもいい)です。シェルが開放されているプロバイダでは、覗き見を禁止するためにも真ん中の数値を0にすることをお勧めします。
アップロードとパーミッション変更が終わったら、ブラウザでtomchat.cgiを呼び出して動作確認をしてください。動かない場合には変更ミスが考えられます。もう一度変更したところを確認して見てください。
プロバイダのサーバーは全ての人の共有資源です。チャットのログを無意味に大きくしたり、負荷が高くなる改造は控えて使用しましょう。